市博物馆的建设，也经历了一段发展过程。1967年，建设“菏泽地区毛泽东思想胜利万岁展览馆”，1972年更名为菏泽地区展览馆，1980年6月，菏泽地区展览馆和菏泽地区文物管理站合并成立菏泽地区文展馆，1985年1月，菏泽地区文展馆更名为菏泽地区博物馆。1991年12月，在菏泽市中华东路建设新馆，新馆占地1.3万平方米，主体展厅楼建筑面积3000多平方米，为钢混中空顶结构，外观雄浑庄重。2002年，更新了所有的区域监控设备。
    机构设置和博物馆建设之路，正是我市文物征集、保护、管理工作走向成熟的写照。几代文物人的辛苦付出换回了丰硕的回报，目前我市的馆藏文物达1.6万件，其中珍贵文物就有1300多件。
    更为可喜的是，我市的民俗文物保护工作走在了全省前列。鲁西南民俗博物馆正在筹建中，文物工作者已经征集到3000多件民俗文物。省政协原副主席参观了这些民俗文物后，高兴地说：“我走遍了山东很多地方，民俗文物藏品菏泽保护得最好，收集得最全。”